| Auxois | | Carrière de Geligny 1 | Vieilmoulin | 21-679-005 | Carrière de Geligny 1 | 10 | 0 |
| Châtillonnais | | Carrière souterraine du Grand Verger Auger | Laignes | 21-336-001 | Carrière souterraine du Grand Verger Auger | 10 | 4 |
| Châtillonnais | | Fontaine captée de Vaucelle | Poiseul-la-Ville-et-Laperrière | 21-490-001 | Fontaine captée de Vaucelle | 15 | 3 |
| Châtillonnais | | Fort de Bron (Souterrain du) | Bure-les-Templiers | 21-116-002 | Fort de Bron (Souterrain du) | 0 | 0 |
| Châtillonnais | | Grotte du Puits de la Mine | La Chaume | 21-159-002 | Grotte du Puits de la Mine | 60 | 24 |
| Châtillonnais | | Grotte-mine principale des Munières | Marmagne | 21-389-001 | Grotte-mine principale des Munières | 120 | 12 |
| Châtillonnais | | Mine de la Come Izard | Touillon | 21-641-005 | Mine de la Come Izard | 18 | 3 |
| Châtillonnais | | Puits Sud | Puits | 21-511-002 | Puits Sud | 55 | 22 |
| Côte et Arrière Côte | | Ancienne exploitation de dolomie_1 | Saint-Aubin | 21-541-002 | Ancienne exploitation de dolomie_1 | 5 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Ancienne exploitation de dolomie_2 | Saint-Aubin | 21-541-003 | Ancienne exploitation de dolomie_2 | 10 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière n° 1 (Gamay) | Saint-Aubin | 21-541-004 | Carrière n° 1 (Gamay) | 0 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière n° 2 (Gamay) | Saint-Aubin | 21-541-005 | Carrière n° 2 (Gamay) | 0 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière n° 3 (Gamay) | Saint-Aubin | 21-541-006 | Carrière n° 3 (Gamay) | 0 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière n° 5 (Gamay) | Saint-Aubin | 21-541-007 | Carrière n° 5 (Gamay) | 0 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière souterraine de Blagny | Puligny-Montrachet | 21-512-001 | Carrière souterraine de Blagny | 0 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière souterraine de Porrée Piarde | Meursault | 21-412-001 | Carrière souterraine de Porrée Piarde | 0 | 0 |
| Côte et Arrière Côte | | Carrière souterraine Trous Légers | Nuits-Saint-Georges | 21-464-010 | Carrière souterraine Trous Légers | 10 | 2 |
| Côte et Arrière Côte | | Grotte de la Bretelle H.6 | Plombières-lès-Dijon | 21-485-006 | Grotte de la Bretelle H.6 | 225 | 1 |
| Côte et Arrière Côte | | Grotte du Canal | Plombières-lès-Dijon | 21-485-002 | Grotte du Canal | 15 | 7 |
| Côte et Arrière Côte | | Grotte du Chateau de La Rochepot | La Rochepot | 21-527-005 | Grotte du Chateau de La Rochepot | 100 | 30 |
| Côte et Arrière Côte | | Grotte Izembart I | Beaune | 21-054-004 | Grotte Izembart I | 100 | 4 |
| Côte et Arrière Côte | | Grotte Izembart II | Beaune | 21-054-005 | Grotte Izembart II | 40 | 2 |
| Côte et Arrière Côte | | Les Trous Léger A-B | Nuits-Saint-Georges | 21-464-009 | Les Trous Légers A-B | 18 | 3 |
| Côte et Arrière Côte | | Les Trous Légers B | Nuits-Saint-Georges | 21-464-003 | Les Trous Légers B | 45 | 5 |
| Côte et Arrière Côte | | Puits artificiel de la Belle Emilia | Saint-Jean-de-Bœuf | 21-553-002 | Puits artificiel de la Belle Emilia | 65 | 65 |
| Côte et Arrière Côte | | Siphon du Canal | Dijon | 21-231-003 | Siphon du Canal | 20 | 5 |
| Côte et Arrière Côte | | Trou d'Arlot | Premeaux-Prissey | 21-506-001 | Trou d'Arlot | 134 | 12 |
| Côte et Arrière Côte | | Trou de la Forêt de Liau | Gissey-sur-Ouche | 21-300-001 | Trou de la Forêt de Liau | 280 | 0 |
| Ouche et Montagne | | Ancienne carrière souterraine | Crugey | 21-214-001 | Ancienne carrière souterraine | 0 | 0 |
| Ouche et Montagne | | Carrière Branger | Ancey | 21-013-002 | Carrière Branger | 0 | 0 |
| Ouche et Montagne | | Cavité dans dolomie | Sainte-Marie-sur-Ouche | 21-559-001 | Cavité dans dolomie | 2 | 2 |
| Ouche et Montagne | | Grotte de Neuvon | Plombières-lès-Dijon | | Porte des Etoiles | 19500 | 117 |
| Ouche et Montagne | | Grotte du Contard | Plombières-lès-Dijon | | Grotte du Contard (entrée basse) | 300 | 17 |
| Ouche et Montagne | | Minière (Darois) | Darois | | Minière (Darois) | 0 | 0 |
| Ouche et Montagne | | Puits de la Verrerie (?) | Velars-sur-Ouche | 21-661-003 | Puits de la Verrerie (?) | 8 | 8 |
| Ouche et Montagne | | Source temporaire de l'Alliance I | Plombières-lès-Dijon | 21-485-012 | Source temporaire de l'Alliance I | 9 | 9 |
| Seine Ignon et Suzon | | "Abîmes" des Fraisiers | Francheville | 21-284-019 | "Abîmes" des Fraisiers | 15 | 15 |
| Seine Ignon et Suzon | | Creux du Coteau Baron | Curtil-Saint-Seine | 21-218-005 | Creux du Coteau Baron | 7 | 5 |
| Seine Ignon et Suzon | | Gouffre de la Rochotte | Francheville | | Gouffre de la Combe aux Prêtres | 0 | 0 |
| Seine Ignon et Suzon | | Gouffre de la Rochotte | Francheville | 21-284-005 | Gouffre de la Rochotte | 0 | 0 |
| Seine Ignon et Suzon | | Gouffre de Nonceuil | Francheville | 21-284-004 | Gouffre de Nonceuil | 27500 | 149 |
| Seine Ignon et Suzon | | Gouffre des Enseinges | Francheville | 21-284-002 | Gouffre des Enseinges | 38 | 26 |
| Seine Ignon et Suzon | | Potu de la Sommière de Nonceuil | Francheville | 21-284-012 | Potu de la Sommière de Nonceuil | 30 | 5 |
| Seine Ignon et Suzon | | Puits artificiel du Bois de l'Ermitage | Saussy | 21-589-003 | Puits artificiel du Bois de l'Ermitage | 13 | 13 |
| Seine Ignon et Suzon | | Source de Saint-Pierre | Gemeaux | 21-290-001 | Source de Saint-Pierre | 0 | 0 |
| Seine Ignon et Suzon | | Source des Creux | Frénois | 21-286-008 | Source des Creux | 0 | 0 |
| Seine Ignon et Suzon | | Trou des Ossements | Curtil-Saint-Seine | 21-218-002 | Trou des Ossements | 15 | 10 |